Ο Στέφανος Τραχανάς διδάσκει, µεταξύ άλλων, κβαντική φυσική και διαφορικές εξισώσεις στο τµήµα Φυσικής του Πανεπιστηµίου Κρήτης από το 1983 έως σήµερα. Από το 1986 και µετά είναι µέλος του επιστηµονικού προσωπικού του Ιδρύµατος Τεχνολογίας και Έρευνας, και η διδασκαλία του στο τµήµα Φυσικής προσφέρεται δωρεάν.

Είναι συγγραφέας έντεκα πανεπιστηµιακών συγγραµµάτων στα παραπάνω πεδία, καθώς και των βιβλίων Το φάντασµα της όπερας: Η επιστήµη στον πολιτισµό µας και Το αµάρτηµα της Εύας: Φυσική κάτω από τ’ άστρα και δηµιουργική µάθηση, τα οποία απευθύνονται στο ευρύτερο κοινό. Το βιβλίο του An Introduction to Quantum Physics κυκλοφόρησε πρόσφατα από τον εκδοτικό οίκο Wiley.

Το 2003 ανακηρύχθηκε σε επίτιµο διδάκτορα του Πανεπιστηµίου Κρήτης, ενώ το 2012 του απονεµήθηκε το Εθνικό Βραβείο Εξαίρετης Πανεπιστηµιακής ∆ιδασκαλίας εις µνήµην Ξανθόπουλου – Πνευµατικού. Για το σύνολο της προσφοράς του τιµήθηκε το 2015 µε τον Ανώτερο Ταξιάρχη του Φοίνικα της Ελληνικής ∆ηµοκρατίας.

Το 2022, το τµήµα Φυσικής του Πανεπιστηµίου Κρήτης έδωσε το όνοµά του σε ένα από τα αµφιθέατρά του, και το 2023 ο ∆ήµος Ηρακλείου τού απένειµε το Βραβείο Ηθικής Τάξεως της πόλης.

Ως ιδρυτικό µέλος και διευθυντής των Πανεπιστηµιακών Εκδόσεων Κρήτης (ΠΕΚ) του Ιδρύµατος Τεχνολογίας και Έρευνας µέχρι το 2013, είχε τη βασική ευθύνη για τη δηµιουργία του πρώτου πανεπιστηµιακού εκδοτικού οίκου της χώρας. Τα τελευταία χρόνια, το ενδιαφέρον του στράφηκε στα ανοικτά διαδικτυακά µαθήµατα και τους νέους δρόµους που αυτά ανοίγουν για την εξίσωση των ευκαιριών στην ποιοτική εκπαίδευση. Πιστεύοντας ότι η χώρα µας δεν µπορεί να µείνει έξω από τις επαναστατικές αλλαγές που συντελούνται αλλού σε αυτό το θέµα, πήρε την πρωτοβουλία για την ίδρυση του Κέντρου Ανοικτών ∆ιαδικτυακών Μαθηµάτων Mathesis –ενός αυτόνοµου και αυτοχρηµατοδοτούµενου τµήµατος των ΠΕΚ– στο οποίο και προσφέρει εθελοντικά την εργασία του τόσο ως διευθυντής του όσο και ως δάσκαλος ή συγγραφέας. Η επιτυχία του «πειράµατος» είναι το προσωπικό του στοίχηµα για τα επόµενα χρόνια.