Η έδρα των ΠΕΚ είναι στο Ηράκλειο της Κρήτης. Από το 2007, τα γραφεία τους στεγάζονται  στο κτηριακό συγκρότημα του Ιδρύματος Τεχνολογίας & Έρευνας, στα Βασιλικά Βουτών (7 χλμ. από την πόλη του Ηρακλείου, δίπλα στην πανεπιστημιούπολη και το πανεπιστημιακό νοσοκομείο). Εκτός από τα γραφεία της διοίκησης, του προσωπικού και το studio του Mathesis, στον χώρο λειτουργεί βιβλιοπωλείο στο οποίο φιλοξενούνται και εκδόσεις άλλων μη κερδοσκοπικών οργανισμών.

Ωράριο λειτουργίας βιβλιοπωλείου: Δευτέρα – Παρασκευή, 09:00 – 16:00